labparse：统一解析实验室仪器导出格式的Python包

Plate readers、spectrometers 以及其他所有台式仪器都各自发明了自己的导出格式。重复的孔板网格、动力学数据转储、宽表、长表、Excel 工作簿（其中某个位置埋着孔板网格）。大多数实验室的解决方案是针对每台仪器写一个一次性脚本，然后这些脚本就腐烂在某人的笔记本电脑上。

labparse 是一个免费的 MIT 许可证 Python 包，它走了一条不同的路。

pip install labparse

import labparse
result = labparse.parse("growth.asc")
result.data          # tidy pandas DataFrame
result.wide()        # one column per well
result.save_csv("tidy.csv")

labparse growth.asc --out tidy.csv
labparse kinetic.txt --wide

Recipes, Not Parsing Scripts

Recipe 是一种小的 JSON 格式描述，由确定性引擎执行。Tecan ASCII 导出文件、Molecular Devices SoftMax Pro 和 SpectraMax 动力学导出文件、通用宽表和长表 CSV 或 TSV，以及带有孔板表头行或孔板网格的 Excel 工作簿，都以捆绑 Recipe 的形式提供。

Recipe 就是普通的 JSON。你可以读取它、编辑它、把新的 Recipe 扔进 recipe 文件夹，然后分享给实验室里的人。labparse --list-recipes 显示所有已安装的 Recipe。

Where The AI Actually Sits

这一部分值得借鉴，即使你永远不碰孔板读数仪。

当 labparse 遇到不认识的格式时，它会把自己的模型（本地模型）展示给原始文件一次，然后由模型编写一个 Recipe。只有当 Recipe 真的能正确解析你的文件时才会被接受。错误的 Recipe 会被拒绝并重试，所以它不会悄无声息地产生坏数据。已接受的 Recipe 会被缓存到你的主目录中，所以每种格式最多只会产生一次 API 调用，缓存后的格式可以离线解析。

解析引擎本身从不调用模型。模型提出建议，确定性引擎做判断，你的测量数据始终只流经你能读懂的代码。

它按以下顺序查找模型：Claude CLI、Codex CLI、Anthropic key，然后是 OpenAI key，其中设置 base URL 可以指向任何 OpenAI 兼容服务器，包括本地模型。--llm off 完全禁用它，所有有捆绑 Recipe 或缓存 Recipe 的功能仍然正常工作。没有配置模型意味着未知格式会给出明确的提示信息，而不是一个错误的猜测。

The Output Schema Is Always The Same

每次解析返回的列都是相同的，不管是什么仪器：

像温度这样的额外仪器列会与标准列一起保留。Tidy 是 pandas、R 和所有统计工具实际想要的形状，.wide() 给出每个孔一列的电子表格布局，两者来自同一次解析。

Why This Matters More Than It Sounds

仪器数据最终进入电子表格的原因是——文件落在哪里，电子表格就在哪里——而不是因为有人认为那是个好主意。基因组生物学论文指出 Excel 会破坏基因名十年后，这仍然是实验室科学中的默认故障模式。

直接将原始导出解析为整齐的表格，省去了数字被重新输入、重新格式化和悄悄更改的步骤。真相的来源始终是仪器写下的那个文件。

源代码、问题反馈和 README 都在 GitHub 上，如果你的仪器导出文件让 labparse 束手无策，打开一个 issue 并附上示例文件。这正是 Recipe 系统存在要吞下的那种格式。