先记住这个答案
两者都是沿着对象的原型链一层层往上找，区别在于拿什么去比。proto.isPrototypeOf(obj) 直接拿 proto 这个对象去比，问「proto 在不在 obj 的原型链上」；obj instanceof Fn 先取 Fn.prototype，再去链上找。所以 obj instanceof Fn 和 Fn.prototype.isPrototypeOf(obj) 在默认情况下结果相同。不同点有两个：instanceof 右边必须是函数，而且能被 Symbol.hasInstance 改写；isPrototypeOf 对任何对象都能用，也不会被改写。
isPrototypeOf直接查询对象原型链instanceof通常查询构造器原型instanceof可使用自定义匹配逻辑isPrototypeOf不受该钩子改写
同一个对象，两种问法
用构造函数创建的对象，两种写法都能用；用 Object.create 直接指定原型的对象，只有 isPrototypeOf 能判断。
function Foo() {}
const f = new Foo()
console.log(f instanceof Foo, Foo.prototype.isPrototypeOf(f)) // 结果一致
const animal = { eats: true }
const dog = Object.create(animal)
console.log(animal.isPrototypeOf(dog)) // 直接拿对象问
try {
dog instanceof animal // 右边不是函数
} catch (err) {
console.log(err.name)
}
Foo.prototype = {} // 换掉原型
console.log(f instanceof Foo, Foo.prototype.isPrototypeOf(f))查看输出与解释
true true
true
TypeError
false falseanimal 只是个普通对象，没有 prototype 属性，也不能被调用，放在 instanceof 右边直接报 TypeError。这就是 isPrototypeOf 存在的意义：原型式继承里只有对象，没有构造函数。
最后一行把 Foo.prototype 换成了新对象，f 的原型链上还是旧的那个，所以两种判断都变成 false。
两者在原型链上怎么查
isPrototypeOf 的过程很简单：从 obj 的原型开始（不包括 obj 自己），逐层用 Object.getPrototypeOf 往上走，每一层和调用者比较是不是同一个对象，找到返回 true，走到 null 返回 false。所以 obj.isPrototypeOf(obj) 是 false，自己不算自己的原型。
instanceof 多了一步。它先看右边有没有 Symbol.hasInstance 方法，普通函数都从 Function.prototype 继承了一个默认实现，默认实现取出 Fn.prototype，再做和上面一样的逐层比较。如果某个类自己写了 static [Symbol.hasInstance]，instanceof 的结果就由这个方法决定，可能和原型链完全无关，而 isPrototypeOf 仍然老老实实查链。
- 两者共同的盲区：跨 iframe
- 它们比较的都是对象引用。iframe 里的数组，原型是 iframe 自己的
Array.prototype，和主页面的不是同一个对象，所以arr instanceof Array和Array.prototype.isPrototypeOf(arr)都是 false。判断数组用Array.isArray，它看的是对象内部标记，不依赖原型对象。
容易答错的地方
- 以为
isPrototypeOf只看直接原型 - 它查的是整条链，不只是上一层。
Object.prototype.isPrototypeOf([])是 true，因为数组的链是[]→Array.prototype→Object.prototype。只判断直接原型要用Object.getPrototypeOf(obj) === proto。 - 在
Object.create(null)的对象上调用它 Object.create(null)建的对象没有原型，身上也就没有isPrototypeOf方法，直接写dict.isPrototypeOf(x)会报TypeError。要写成Object.prototype.isPrototypeOf.call(dict, x)。反过来，用它判断空原型对象不会出错，Object.prototype.isPrototypeOf(dict)就是 false。- 以为两者永远等价
- 默认情况下
x instanceof F等于F.prototype.isPrototypeOf(x)，但只要F定义了Symbol.hasInstance，两者就可能不同。还有原始值：1 instanceof Number是 false，Number.prototype.isPrototypeOf(1)也是 false，它们都不会把原始值包装成对象再查。
面试官还会怎么问？
怎么用 isPrototypeOf 手写 instanceof？
先检查右边是不是函数，不是就抛 TypeError；然后返回 Fn.prototype.isPrototypeOf(obj) 即可。要更贴近规范，就在前面先判断 Fn[Symbol.hasInstance] 是否被自定义过。
class B extends A，A.isPrototypeOf(B) 是什么？
是 true。extends 会建立两条链：实例这条是 B.prototype 的原型为 A.prototype；构造函数这条是 B 本身的原型为 A，所以静态方法能被继承。A.isPrototypeOf(B) 查的就是第二条。
TypeScript 里哪个能用来收窄类型？
instanceof 能，TypeScript 会把 if (x instanceof Foo) 里的 x 收窄成 Foo。isPrototypeOf 只返回普通布尔值，编译器不认识它的含义，要收窄得自己写类型守卫函数，返回类型写成 x is Foo。
参考资料
示例用于理解所注明的运行环境与边界；延伸学习可结合原文中的更多案例。